2005年10月4日，经国家科技部批准，香港大学两间国家重点实验室夥伴实验室开幕，是境外首次亦是香港首批国家重点实验室，其中“新发传染性疾病实验室”重点研禽流感、沙士等传染病；“脑与认知科学实验室”研究项目包括读写障碍、自闭症等。

科技部先后与本港多间大学合作，一共设立16间国家重点实验室及6间国家工程技术研究中心香港分中心。科技部部长万钢2015年来港主持授牌仪式及表扬各单位的贡献。

港区全国人大代表黄玉山表示：“其实这些重点实验室的成立，之前反映内地相关科学家与香港不同院校已经有科研合作，有些项目已经进行而且取得很好的成绩，因此将这些项目发展成不同的国家重点实验室。”2004年粤港推出的“粤港科技合作资助计划”鼓励两地大学科研机构和企业加强合作，截至今年10月，共有超过300个核准项目，资助金额超过9亿元。