2003年2月，香港出現沙士疫情，除了威脅市民生命，醫療體系亦承受巨大壓力。當時行政長官董建華向中央政府提出訂購保護衣服、口罩、眼罩等物資，中央迅速反應。溫家寶總理更特別批示，送港物資必須保證質量，所有費用由中央負擔。

香港回歸以來，國家領導人多次來港，主持典禮及走進社區訪問，展示對香港的關懷。1998年7月1日，來港出席特區成立一周年慶祝活動的國家主席江澤民，到訪沙田醫院與長者見面，期間揮筆寫大字。

1999年5月17日，海洋公園內的香港賽馬會大熊貓園開幕。主持開幕儀式的國務委員吳儀，代表中央政府向香港特區送贈一對大熊貓安安和佳佳，以慶祝香港回歸兩周年。

1998年，當時香港證監會主席梁定邦，在北京接受了總理朱鎔基邀請，推掉年薪一百萬美元的聘金，要求以年薪一元的酬勞，擔任中國證券監督管理委員會首席顧問。梁定邦於1999年上任，在市場被稱呼為「傳教士」的他，提出企業要規範運作，財務資訊要真實，政府要製造良好法規，執法要公正等。